消化不良的症状，可以是腹痛、腹胀、早饱、嗳气、反酸、烧心、恶心、呕吐、腹泻、便秘或腹泻与便秘交替等症状。患者有可能存在功能性胃肠病或者是器质性的胃肠道疾病。
临床上常见的功能性胃肠病有功能性消化不良和肠易激综合征。功能性消化不良是指上腹部症状一年内累计超过12周，而各种客观检查未能发现器质性疾病。肠易激终合症指的是一组包括腹痛、腹胀、排便习惯改变、大便性状异常、粘液便等表现的临床综合征。症状反复持续存在，经检查排除器质性的病变，是临床上最常见的一种功能性肠病。内镜检查是确诊器质性或功能性胃肠病的最好的检查方法。
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